幕末时期，新选组承担着维护京畿治安的重任，是著名的佐幕派武士集团。他们身处时代剧变的旋涡中心，深度参与了禁门之变、鸟羽伏见之战、戊辰战争等重大历史事件。永仓新八是新选组草创期的核心人物，也是新选组干部中极少的幸存者之一，他在《最后的武士：新选组始末记》中回顾了新选组的整个历史，讲述了浪士上洛、暗杀芹泽鸭、池田屋袭击、油小路激战等事件背后不为人知的故事。
萨长争权，七卿失势
近藤勇作为队长掌管新选组之后，在对付长州志士时手段尤为狠辣。当时，京都已经成为时局动荡的中心。随着萨长二藩与会津的势力斗争，双方在朝廷中的权势此消彼长，难解难分，酿成了许多风波。新选组遵从会津藩的命令，以巡逻的名义探查诸藩的动向，若发现有企图对幕府不利的人，便对其采取暗杀、逮捕等高压手段。因而，志士们对以近藤为首的浪士们积怨颇深。
然而，随着岛津侯入京鼓吹朝幕合体，萨摩藩的势力在朝廷中渐渐壮大起来。随后毛利侯也入京，倡议攘夷，长州藩的势力也立刻出现增长之势。于是，长州藩便想将萨摩藩的势力从京都驱逐出去。而会津藩则周旋于两方之间，唯恐失势。文久三年五月，姊小路少将遭到暗杀，经查是萨摩人田中新兵卫所为。朝廷随后罢免了岛津侯的宫门宿卫一职，命毛利侯接任。这就意味着萨州已经失去朝廷的信任。此前，两家势力还在协力合作，而此事一出，双方立刻变得水火不容。毛利侯联合三条实美等在朝廷中颇具影响力的公卿，提议天皇“亲征外虏”。其声望甚至盖过了朝廷。
而担任京都守护要职的会津侯观望两藩势力，认为毛利家终归要对幕府不利，于是联合略显失势的萨摩岛津家，企图绞杀毛利势力。八月十八日黎明，会津藩派兵保护中川宫入宫参觐，上奏道：
“长州心怀不轨，欲夺取人事任命之权，妄图挟持天皇作乱。”
此计奏效了。毛利家在堺町门的警卫立刻被解除，交由会津、萨州的军队接管。三条卿等人也被命停止参与国事。他们又在朝中内外宣告：“亲征外夷并非圣意，乃无谋暴臣矫诏而已。”形势随即一变，毛利家的声望急转直下，只好饮恨归藩。
这就是著名的七卿失势的悲剧。在毛利侯离京的同时，三条中纳言、东久世少将、锦小路右马头、西三条中纳言、泽主人正、壬生修理大夫、中山大纳言七位公卿在天诛组的保护下，同桂小五郎（后来的木户孝允）、坂本龙马、江藤新平、平野次郎等著名志士一道，身披重铠，离开京都，暂避在大和国的十津川。
当时芹泽鸭还在世，新选组对政变并不知情。会津藩的公用人野村佐兵卫前来向全体壬生浪士传令说：
“长州藩离京，命新选组前往御所，依令执行警备任务。”
芹泽立即召集了八十名队员，将其分为两组。队伍以那面六尺见方的大旗——红底上面绘有白色“诚”字——开路，威风凛凛地开赴御所。不一会儿，新选组队伍抵达蛤御门。御门一带已经被会津藩守住了，那些藩士并不认得新选组，便在垛口架起枪炮，没有放他们通行。
会津藩士死守蛤御门，长州刺客卧底新选组
受命出动前往防守御所的新选组队员们抵达了蛤御门。防守城门的会津藩藩士甲胄整齐，望见芹泽鸭、近藤勇、新见锦三人径直走上前来，便晃动枪穗，喊道：
“来者何人？报上名来！”
近藤勇、新见锦二人见了，不由得胆怯起来。而芹泽不愧是芹泽，他坦然大声答道：
“吾等乃会津侯麾下之新选组壬生浪士。汝等若胆敢无礼，将会追悔莫及。”
新选组一行心中渐生杀气，做好了不惜动武也要强行通过的准备。正在这时，公用人野村佐兵卫赶到了：
“哎呀哎呀，芹泽先生，都怪在下疏忽，没想到让各位遭到冒犯了。还望不要深究此事，就这样过去吧。”
然后又警告藩士们，让他们为新选组带路。最后新选组被安排到御花田固防。
此时，各路诸侯已经被派去防守九门，而御所则交由会津、桑名、一桥三家执行警备。众人摆出了倘若长州藩离京时出现任何不稳举动，便不容分说地一同进攻的架势。所以长州藩中那些心怀不满的人并未轻举妄动，平静地离京了。新选组队员们本来摩拳擦掌，准备大战一场，见此情况也只好意兴阑珊地回到驻地。这次行动便是芹泽鸭的最后一次出场。正如前文所述，三天之后，芹泽横死。
近藤勇接管组织的同时，新选组也招来了长州藩志士的忌恨。志士们认为，近藤勇这伙人在京都不断发展壮大，这将让他们很难在京都顺利起事。于是，桂小五郎在同志中选出御仓伊势武、荒木田左马之助、越后三郎、松井龙次郎四人作为卧底刺客，授之以密计，派他们暗中潜入京都。
这四人长途跋涉，分头抵京。八月二十五日，他们前往壬生村新选组驻地求见队长近藤勇。近藤对此未加思虑，立刻接见了他们。他问道：
“请问各位有何来意？”
四名志士答道：
“我们四人原是长州天诛组的队员，但对藩中的勤王主张抱有异议，因此脱藩上洛。我们听说新选组正在为实践勤王之论而不断努力，所以希望您能允许我们四人加入，共同为勤王之事效力。这就是我们的来意。”
近藤装作对他们的话坚信不疑的样子，当场同意了他们的加盟。他喊来岛田魁说：
“今天有四名志士加盟。请为他们带路。”
近藤吩咐岛田带他们到前川庄司宅邸的驻地。望着四人离去的背影，近藤的眼中闪过了一丝异样的神色。不过那四人并没有觉察到他的防备之心。过了一会儿，近藤将永仓新八等四人唤来，专门提醒道：
“不要对他们掉以轻心。”
过了两三天，队长近藤将四名新人招来，授以他们“国事侦查”的职务。又交给他们一百两黄金作为临时津贴。
近藤说：“队里还有多余的制服，快去穿戴整齐吧。”又许诺给四人诸如可以自由出入等一些破格待遇。
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